在Mac OSX上執行高效能運算(High Performance Computing, HPC)

最近對於MD(Molecular Dynamics)有興趣，沒有人引領入門，所以只好自己K摟。

MD的基本，除了學術上的理論之外，還需要有個運算平台。
在unix或者windows上，運算平台一堆~
但在Mac OSX上，我就不大熟悉了。

因此搜尋了一下，找到這個HPC Mac OS X


這個網站的作者蒐集了許多HPC所需要用到的工具，像是Fortran、MPI、Globous....等。

目前還沒空測試，不過，看起來肯定不向linux一樣有package manager可以管理這些套件。
要把這些東西弄到OSX上，大概要像大學時代玩的linux一樣，純手工打造。

另外memo幾個OSX上ports的網站：

1. Darwin ports (http://darwinports.com/)
2. RPM on Mac OSX (http://www-jlc.kek.jp/~fujiik/macosx/10.2.X/memo/RPMonX.html)
3. Mac OS Forge (http://www.macosforge.org/)

順便memo幾個跟MD有關的網站：

1. 分子模擬論壇(大陸) (http://www.mdbbs.org/)
2. LAMMPS教學(英文) (http://www.wag.caltech.edu/home-pages/mario/lammps2001/README.html)
3. LAMMPS (Sandia國家實驗室開發的code, opensource) ( http://lammps.sandia.gov/)
4. GROMACS (另一套free的MD code，不過好像偏生物應用)
5. (http://www.gromacs.org/)