2009年3月28日 星期六

在Mac OSX上執行高效能運算(High Performance Computing, HPC)

最近對於MD(Molecular Dynamics)有興趣,沒有人引領入門,所以只好自己K摟。

MD的基本,除了學術上的理論之外,還需要有個運算平台。
在unix或者windows上,運算平台一堆~
但在Mac OSX上,我就不大熟悉了。

因此搜尋了一下,找到這個HPC Mac OS X


這個網站的作者蒐集了許多HPC所需要用到的工具,像是Fortran、MPI、Globous....等。

目前還沒空測試,不過,看起來肯定不向linux一樣有package manager可以管理這些套件。
要把這些東西弄到OSX上,大概要像大學時代玩的linux一樣,純手工打造。

另外memo幾個OSX上ports的網站:
  1. Darwin ports (http://darwinports.com/)
  2. RPM on Mac OSX (http://www-jlc.kek.jp/~fujiik/macosx/10.2.X/memo/RPMonX.html)
  3. Mac OS Forge (http://www.macosforge.org/)

順便memo幾個跟MD有關的網站:
  1. 分子模擬論壇(大陸) (http://www.mdbbs.org/)
  2. LAMMPS教學(英文) (http://www.wag.caltech.edu/home-pages/mario/lammps2001/README.html)
  3. LAMMPS (Sandia國家實驗室開發的code, opensource) ( http://lammps.sandia.gov/)
  4. GROMACS (另一套free的MD code,不過好像偏生物應用)
  5. (http://www.gromacs.org/)

2009年3月24日 星期二

skim,比Preview稍微好用的pdf瀏覽程式

在windows上都用foxit reader來閱讀pdf,並且利用該工具來作pdf的標注或註記(note)
到了mac上,pdf檔案內建都是用預覽工具(Preview)來開啟,速度還滿快的,使用上也便利。
但是註記的功能就稍嫌弱了點。

就在freemacware上閒晃的時候發現這個skim


看他的圖示就知道他是個pdf預覽的程式,而且有可以作memo的功能(注意圖示右上角的小貼紙)

實際使用後,的確,他所提供的註記功能是比mac內建的preview好點。
改天試試看跟papers的功能作結合,好用的話,就可以把他改成預設的pdf開啟工具。


但是這個程式的缺點就是,他只能開pdf檔案。
所以~照片的preview,就得交由其它軟體摟。
我目前用來看圖的軟體是Phoenix Slides,他,也是個freeware.



Mac上的Freeware自由軟體

在windows上,其實也用了不少的Freeware,像是winsnap就是我愛用的,雖然他後還有發行收費版本。

轉換到mac上,就比較少看到。
或許是因為內建的功能就已經很足夠了吧!

在搜尋記帳軟體的過程中,意外發現這個網站http://www.freemacware.com/Image顧名思義,他就是Mac的Freeware。
裡面蒐集不少,我個人特別喜歡他畫面中央類似mac上得dock的程式展示方式,讓我會一直好奇的點下去。

後續再慢慢把我覺得好用的程式一一介紹上來。

深度睡眠....Deep sleep.......Z....z......

Mac有不用關機的優點(windows應該也有吧~只是好像沒有人在用)
看著他的待機燈閃亮閃亮,其實也很漂亮。
但是,缺點就是會耗電阿~如果要長距離移動,還是讓他深度睡眠deep sleep好了

需要的請按這邊下載

原始網址在http://deepsleep.free.fr

他是一個dashboard的widget,安裝後,只要按下F4進入到dashboard,然後按下那個月亮,就會進入深度睡眠拉~


所謂深度睡眠,就是把所有RAM裡面的資料都備份到硬碟上,然後把電腦關機。
優點是可以不耗損電力了。
但是缺點就是下次開機會慢一點點~


2009年3月20日 星期五

firefox也可以充分利用新macbook的multitouch觸控版的好處

原本把Firefox捨棄,是因為新macbook的multitouch上得手勢功能無法使用
實在是殘電,而我買了macbook之後,對這multitouch的功能覺得實在讚,所以平常幾乎沒有在用滑鼠~
因此才讓firefox被我打入冷宮

但想想,這樣的問題肯定在mac user上有人遇過,所以給他一下。
果然,很快就找到拉,而且排在第一,肯定有不少人也遇過,解決過。
原文出處:http://www29.discuss.com.hk/redirect.php?tid=8627657&goto=lastpost

要解決這個問題,需要下載一個System Plugin叫做MultiClutch.zip
下載完解壓縮安裝後,就可以在系統偏好設定內看到多一個圖示



進入那個圖示內,可以看到設定不同的應用程式其所對應的手勢與快捷鍵鍵要怎麼拉上關係。
以firefox為例,我把firefox加入應用程式內,並且把對應的熱鍵與手勢連結上關係。
之後就可以用拉~ 真是太讚摟~

我的firefox終於可以退冰拉~


因為這個plugin可以針對各種種不同的程式設定手勢的對應,因此itune或者其他常用的軟體,也可以利用這樣的方式設上手勢與快捷鍵的連結,讓你的應用程式使用起來更「順手」。

可以選用的手勢如紅色框框所示,幾乎multitouch上得都有對應


這個軟體還在beta,後續發展可以參考原作者的網站:http://wcrawford.org/2008/02/28/everytime-i-think-about-you-i-touch-my-cell/



Mac上已經內建Apache2與PHP4了,真方便

今天mac聚會時,看到joomla的展示,還真不錯。
雖然之前有摸過一陣子,但是後來實在沒時間弄,所以就停住拉。

現在換了macbook,剛好在想說mac上要怎樣去安裝php+apache

果然,不是問題,只要google一下,啥都有,真是恐怖的google,原文來自這邊:
在Mac OS X 上啟動 Apache 的 PHP 支援

先note起來,過一陣子有空時再來玩玩 :)

文字部份先給他memo起來

一開始就是開始修改Apache的設定檔了,由於此設定檔需要管理者權限才能修改,所以在開啟vi修改的時候需要加上sudo來使用管理者權限,在鍵入下列這一樣指令後,系統會要求輸入管理者密碼。
# sudo vi /etc/httpd/httpd.conf

再來就是編輯Apache的設定檔了!只有兩個地方要修改。一進入vi就搜尋php這個字,就可以找到第一點,如下圖反白的那一行,只要把這一行最前頭的井字號( # )拿掉就可以了。(下圖為修改後)

修改完,我們再來搜尋含php字串的第二點,如下圖,在這裡也是跟第一點一樣把反白這一行最前方的井字號( # )拿掉就可以了。(下圖為修改後)

最後呢,我們來啟動Apache就可以了,如果已經啟動了Apache,那在修改過設定檔過後仍然要重新啟動Apache。再來就是打開”系統偏好設定” > “分享”,把”個人網頁共享”啟動就可以啦!

最後來來測試一下!到 /Library/WebServer/Documents 裡開一個檔案叫 phpinfo.php,然後phpinfo.php的內容如下:

接著打開瀏覽器,鍵入位址列 http://127.0.0.1/phpinfo.php,如果有看到下面這一個頁面的話,那麼就大功告成啦!!




2009年3月19日 星期四

我的mac終於可以用Kyocera F-720這台印表機拉!!

搞了好久,終於搞定~
參考了這篇「透過網路在OSX下使用XP/Vista上面分享的非Postscript印表機
上面這篇又是參考這篇「
How to Use a Printer Attached to a Windows XP Computer in Mac OS X
原則上照中文那篇講的步驟去作,應該就ok。

但是因為我疏忽掉一點,就是「序列」那邊也要填,之前都沒有填,結果一直都不能印。



現在我可以直接從mac輸出到pc上得非ps印表機拉,讚~


2009年3月18日 星期三

我的第一台「黑金塔」

Hackint0sh
黑金塔~是從Hackintosh音譯過來的。
那~什麼事黑金塔Hackintosh呢?
所謂的Hackintosh是由Hack + Macintosh所結合而來的。

意思是破解的麥金塔==>使用一般Intel/AMD的桌機來安裝MacOSX,讓桌機逃離windows的掌握,判逃到Mac上面。

我使用的安裝片是iDenb 1.4,是10.5.6的OSX,所以安裝後在灌軟體(iLife9、iWorks9)都正常。
但是『系統描述』無法正常啟動~

硬體是Dell Dimension 5100,硬體規格摘要如下:

  • CPU 類型      Intel Pentium 4, 3000 MHz
  • 主機板名稱      Dell Dimension 5100
  • 主機板晶片組      Intel Lakeport-G i945G
  • 系統記憶體      2048 MB
  • BIOS 類型      Phoenix (05/25/05)
  • 視訊卡      NVIDIA GeForce 8600 GT (256 MB)
  • 音訊卡      Intel 82801GB ICH7 - High Definition Audio Controller [A-1]
  • IDE 控制      Intel(R) 82801G (ICH7 Family) Ultra ATA Storage Controllers - 27DF
  • IDE 控制      Intel(R) 82801GB/GR/GH (ICH7 Family) Serial ATA Storage Controller - 27C0
  • 網路卡      D-Link AirPlus G DWL-G122 Wireless USB Adapter(rev.B)
安裝過程,網路上大概都有說名~有需要的可以搜尋一下。
可以參考啃蘋果論壇http://bbs.kenapple.com/forum-38-1.html,裡面有詳細的討論。

可是,安裝的細節,倒是沒有交代清楚。

至少我自己就摸了好幾次才裝好。

安裝之前,一定要先把自己的硬體規格搞清楚,這樣在自訂安裝的話面下,才知道該選擇哪些項目。
核心(kernel)一定要選一個。
至於其他不確定的部份,可以暫時不選,萬一不會動,在重新安裝,把缺的部份選上即可。

我沒有拍照,所以沒有圖可以上傳。
可以參考肯蘋果論壇的這一帖http://bbs.kenapple.com/thread-1616-1-2.html





2009年3月17日 星期二

Firefox v.s. Safari

在windows上,我都是用firefox,有許多方便的addons
進到mac原本也沿用firefox,只是,那巨大的觸控版的多指功能幾乎都沒辦支援。
二指縮放,三指換頁,殘了~

所以我就改向Safari,用一陣子之後,其實還不錯,只是,有些軟體還是沒有取代。

上面這個網址,有紀錄一些firefox與Safari對應的軟體,如果有要從firefox轉換到safari上得,可以參考。

2009年3月16日 星期一

paper work,要怎樣讓paper可以幫你work

寫文章~尤其是科技文章,最難寫的就是introduction
要寫好introduction,需要有很強的說故事能力。
但是要說好故事,總是得要有題材~

資訊爆炸,題材不怕找不到~ (如果真的找不到,恭喜~ 你的作品相當具有原創性,主編最愛)
google打入關鍵字,千萬個網頁蜂擁而上,看得眼花撩亂
sdos打入關鍵字,一堆paper K到爽,K得不爽,裡面的超連結可以連到天涯海角

要怎樣整理文獻,是個問題,尤其當pdf檔案多了之後,光用excel、檔案總管,肯定稿到爆

用EndNote是個不錯的方式,尤其是"Cite while you write"的功能,超方便。
但是就我的了解,endnote的文章標題、作者以及許多欄位都得自己key-in。
(小弟接觸 endnote不久,如有錯誤請不吝指教)

換了macbook之後,當然,我的電腦上一樣有灌endnote,只是,在我發現papers之後,好像就『暫時』派不大上用場拉。說暫時,是有原因的~

Papers,是mekentos這個公司出版的一個軟體,如同網站的logo所示,他是一個整理科學文獻的工具,可以建構自己的科學圖書館。


新版(1.9)還支援跟iphone作同步,可惜我沒有iphone,也沒有ipod touch。
這是papers的安裝畫面,滿有趣的示意,建構自己的資料庫(圖書館)就像是蓋房子一樣~


啟動後的papers相當簡潔,左邊是長用到的搜尋,中上是文獻列表,中下則是文獻pdf內容,右邊是文獻的資料。


在1.8版的時候,我也是一篇一篇打文獻的標題、作者....等,打到手軟。後來換1.9版,多個一個「批配」的功能。
超讚~ 原本從sdos下載下來的文獻,直接拉近papers裡面,會出現下面這樣,資訊不詳,作者、標題、刊物,啥都沒有。


舉其中一篇paper來看,原本資料不正確也不完整

只要按下右下角的「批配」,papers就會上google去找這篇文獻的資料,ScienceDirect上下載,只要不是太舊、不是用掃描的,基本上都可以直接找到資料。
然後直接把找到的資料批配上去~所有欄位,馬上填好


這真是太棒拉,當然,他還有其他功能,如精選(有點類似智慧檔案夾)、輸出至EndNote等。有時間再來寫紀錄 ^__^

2009年3月14日 星期六

Safari3的快速鍵

Safari3好用~

速度滿快的,與新macbook的超大觸控版也結合的相當好。
只是~
用了好一陣子,找不到切換不同頁面的快速鍵,以前再firefox直接用ctrl+tab就搞定。
找了好久,沒想到今天瞎貓碰到死耗子,竟然是用『<』和『>』就好拉。

這樣就方便摟~

剩下的就是找有沒有快速放大視窗的快捷鍵....

to be continued.

2009年3月10日 星期二

pc轉換mac一週心得

從pc轉換到mac,最麻煩的莫過於軟體以及軟體操作的熟悉度。
以往習慣的軟體以及快捷鍵都要重新適應(雖然說可以設定,但先不改看看)

軟體部份,有些只有在pc上操作的就沒辦法摟,這時候我的退役的T41就派上用場拉 ^__^

目前我的mac上灌的軟體 office 2008, endnote 12主要是跟windows的軟體可以對應的。
原本使用習慣的firefox也慢慢轉移到safari上面拉。

papers這套軟體,目前用起來感覺還不錯,在13.3" LED的macbook上面用papers看論文,外加大型touchpad的二指縮放,真是超讚的。
唯二個缺點(1)資料要轉到endnote上要匯出再匯入 Orz...  (2)好像沒有可以直接在pdf上面標注的工具(這點foxit reader就強多拉)

to be continued...

2009年3月8日 星期日

我的macbook使用FAQ

因為是macbook新手,對於使用上還是有相當多地方不熟悉~
因此把我遇到的問題以及解決方式整理成FAQ,以後有問題時可以再回來翻

1.香草輸入法失效
就在今天,突然我的香草輸入法師校,只能夠打英文,後來有找到解決方法。
==> 開啟terminal==>『killall OpenVanilla』

2.要使用webatm怎麼辦? 使用ie4osx吧!

3.Word:2008開啓有標楷體的檔案出現框框,沒有字體
==>在 Word 2008 for Mac 中,開啟 Word/Preferences, 然後選擇其中的 Compatibility 項目,然後按下 [Font Substitution] 按鈕,就會出現 Font Substitution 選單。
選單中分為兩個部份,左邊是 Missing document font,代表你所開啟的文件中無法找到的字體,右邊是 Substituted font,代表的是您想要選擇取代的字體,選擇 BiauKai 作為取代字體就是了。資料來源:http://www.mobile01.com/topicdetail.php?f=177&t=573926&last=5972980

2009年3月7日 星期六

我的第一台mac

考慮了許久,也觀望了許久,每回看見mac總會忍不著多看兩眼。

經過一番內新的攻防戰,終於,我敗家拉~
敗入我人生第一台macbook

2.0GHz

  • Intel Core 2 Duo
  • 2GB DDR3 記憶體
  • 160GB 硬碟1
  • NVIDIA GeForce 9400M 繪圖晶片
  • 標準鍵盤
  • 鋁合金一體式鋁合金一體成型




我沒有選擇這階級的頂級版,因為差再2.4GHz CPU、硬碟空間以及夜光鍵盤。差一萬,Oh my god....我還是省一點。

入手之後的第一步,當然是習慣的改變。

「拖、拉、放』,這是幾乎每個mac專賣店都會強調的東西。但是儘管設計人性,習慣要一時之間改過來,還是需要一點時間的。

另外一件事,當然就是玩iphoto9摟。把手邊的照片整理過去並且用faces做整理。

使用之後發現,果然mac的廣告作得不錯。
實際的操作上,臉部辨識的能力還是有限 :(
就拿我之前做的證件照來看,一張圖有八個我的頭,但是幾乎會出現三個不同的名子在上面。看來faces還有很大的改善空間。

另外一點,當我的iphoto照片變多時,實際操作與faces的操作會變慢。
難道2.0G與2.4G真的差那麼多嗎?
還是賣場展示的都是配4G的嗎?考慮買RAM來換~只不過目前DDR3的RAM還是小貴~

.....to be continued



2009年3月6日 星期五

把工作當事業來經營

延續上一個話題~

無法找到或者尚未找到一個好的創業目標,又不想每天都在嘆『唉~~又要上班了』
我想到的結論是→把工作當事業來經營。

那~究竟要怎樣把工作當事業來經營呢?
我想要能夠這樣轉換心態,首先需要了解事業(創業)與工作的本質差異性。
因此先想到以下幾個問題,有時間再來仔細思考,當我可以回答這些問題的時候,我想我應該就想得到怎樣轉換心態了吧!

Q1:經營一個事業,會是怎樣的心態?
Q2:經營事業之所以會全力以赴的原因?
Q3:事業低潮時,是怎樣度過?
Q4:事業的收入不如預期時,是怎樣面對與處理?

2009年3月5日 星期四

回鍋加熱,邁向沸騰之路

04年畢業後,選擇國防役,因為錢多、事少、離家近~(至少第一年是這樣)
進去之後,才發現,四年不調薪,簡直就是變相減薪。
anyway...四年過去拉,08年1月,更換到新的工作。

如同標題所說,『回鍋加熱』,沒錯,我又回到母校的懷抱,哈哈。

竟然回鍋了,我對我自己的期許是『邁向沸騰之路』。
因為國防役四年,泡在冰水裡面太久啦。

仔細想想,為什麼這四年的工作,會像在冰水裡面,一點熱度都沒有呢?
我想到一個答案,但不確定是否正確~
那就是,它是一個『工作』
50%付出,可以得到100%的收入;150%的付出,100%收入;300%付出,一樣100%收入。

so......

要怎樣不再掉入這樣的胡同裡面呢?
我的想法是『把工作當成事業來經營』 Treat the work as a career....

But how ??思考中~

但是,這是我設定的方向之一,『不要只是工作』